Stefani Crabtree a soutenu sa thèse en archéologie le 14 novembre 2016 aux États-Unis et en visioconférence avec la France. Co-dirigée par François Favory, Laure Nuninger et Tim Kohler, elle a été réalisée en co-tutelle à la Washington State University et à l'université de Franche-Comté. Elle s'intégrait à l'action de recherche ANR TransMonDyn (modéliser les grandes transitions de l'évolution du peuplement dans l'Ancien et le Nouveau monde) de la MSHE Ledoux et a bénéficié d'un financement de la part de la National Science Foundation et de l'Ambasse de France aux Etats-Unis avec une bourse Chateaubriand. Les travaux de Stefani Crabtree ont pour objet les rapports humains dans les sociétés préhistoriques, et plus particulièrement comment les actions individuelles peuvent influencer le développement de sociétés hiérarchiques. En l'absence de traces écrites, il est difficile pour les archéologues de saisir les relations humaines qui président à la création des cultures matérielles qu'ils analysent. Pour les appréhender, S. Crabtree a mobilisé les théories de la complexité appliquées à l'archéologie (simulation multi-agents et analyse de réseaux). Elle s'est appuyée sur des études de cas portant sur les Gaulois du midi de la France et les Pueblos du sud-ouest des États-Unis.
Stefani Crabtree commencera en janvier 2017 un post-doctorat à la Pennsylvania State University pour deux ans.