Les futurs locaux de la MSHE Ledoux seront composés d'une salle de conférence de 150 places et d'une surface de 2200 m2 destinées à accueillir les chercheurs et les plates-formes de la MSHE (salles de réunion, plateaux techniques et administratif, bureaux pour les chercheurs, hall d'exposition). La livraison de la salle de conférence est prévue pour la fin de l'année 2015, et celle du second bâtiment pour le printemps 2016. Les financeurs sont la Région Franche-Comté, la Ville de Besançon, l'Université de Franche-Comté et l'État.