Le conseil de laboratoire (CL) a un rôle consultatif, notamment sur la coordination des travaux des personnels, les ressources budgétaires à demander et la répartition de celles qui lui sont allouées, la politique de gestion des contrats de recherche concernant l’unité, la politique de transfert de technologie et la diffusion de l’information scientifique de l’unité, la gestion des ressources humaines, la politique de formation, et toutes mesures relatives à l’organisation et au fonctionnement de l’unité et susceptibles d’avoir une incidence sur la situation et les conditions de travail du personnel.

Il est composé des directeur, directeur adjoint, des responsables des parcs instrumentaux et de l'ensemble des personnels permanents et contractuels de plus d'un mois de la MSHE.

Le comité d’évaluation des projets (CEP) accompagne les projets déposés pour être hébergés à la MSHE et propose un classement si nécessaire.

Le conseil scientifique (CS) accompagne la direction sur la politique scientifique de la MSHE, sur le choix de ses partenariats institutionnels nationaux et internationaux, sur la création, la modification et l’activité des thèmes, des plateformes et autres activités de la MSHE.

La MSHE dialogue avec les tutelles (CNRS et UFC) dans le cadre du comité de pilotage.

Le comité de pilotage sur proposition de la direction de la MSHE, décide de l'organisation générale et du fonctionnement de l’UAR et du périmètre des laboratoires partenaires. Le copil adopte, sur proposition de la direction de la MSHE et après avis consultatif du conseil scientifique, le programme scientifique de celle-ci. Le copil adopte, au vu du programme annuel d'activités de l’UAR, le budget de fonctionnement et d’investissement de celle-ci.