La programmation scientifique de la MSHE Ledoux se structure en cinq pôles de recherche interdisciplinaire dont l'objectif est de valoriser les compétences des chercheurs SHS de Franche-Comté et de leur donner la possibilité de nouer plus de partenariats au plan national et international. Au sein de chacun des pôles de recherche ont été définis des axes, eux-mêmes divisés en actions.
Ce pôle impulse des recherches qui intègrent la dimension spatiale à l'étude des phénomènes humains et visent à comprendre les dynamiques territoriales en mettant l'accent sur le jeu des acteurs et en les saisissant à différentes échelles spatio-temporelles. Il associe des approches disciplinaires variées - géographie, économie, archéologie, histoire -, combine enquête de terrain et modélisation, et articule recherche fondamentale et appliquée, en s'efforçant notamment de répondre à la demande de connaissance des acteurs territoriaux, institutionnels ou non, et de favoriser un développement mieux maîtrisé.
Les recherches entreprises dans ce pôle concernent l'interaction entre les sociétés humaines et les caractères physiques de leur environnement. Elles mettent en rapport de nombreuses disciplines : histoire, archéologie, géographie, écologie, économie, épidémiologie. Les actions menées s'inscrivent dans différents types de relations existant entre « nature et société », soit en visant à comprendre comment les ressources environnementales et paysagères jouent un rôle sur la dynamique des implantations humaines, soit en analysant les impacts des activités anthropiques sur l'environnement.
Le pôle 3 vise à interroger la pratique de production collective du savoir et des organisations socio-culturelles. Il s’agit plus précisément d’étudier ou de mettre en œuvre d’une part des opérations de construction de choix politique, sociaux ou éthiques et de l’autre des opérations collectives de diffusion et de partage des connaissances.
Le pôle Archive Bases Corpus a pour objectif de faire converger et coopérer, dans une perspective méthodologique interdisciplinaire, des travaux significatifs d’établissement et d’analyse de corpus numériques, et des recherches avancées en matière de concepts et d’outils présidant à de tels travaux.
Ce pôle de recherche associe des chercheurs venant de plusieurs disciplines des sciences sociales, notamment la psychologie, la sociologie, les sciences juridiques, l’économie et la médecine.
L’objectif est d’avancer, à partir de plusieurs actions de recherches menées en parallèle, dans la compréhension de questions portant sur les mécanismes qui guident et influencent une grande variété de comportements.
Un réseau thématique pluridisciplinaire du CNRS est également rattaché à la MSHE, le RTP Valorisation des SHS, depuis janvier 2010 ; le RTP Histoire économique s'est achevé fin 2010.